Từ năm 2006 thực hiện chế độ Chính ủy, Chính trị viên trong Quân đội.[2] Tổ chức Đảng bộ trong Quân khu 9 theo phân cấp như sau:

• Đảng bộ Quân khu 9 là cao nhất.
• Đảng bộ Bộ Tham mưu, Cục Chính trị, Cục Hậu cần, Cục Kỹ thuật, các Sư đoàn, Lữ đoàn, Bộ chỉ huy quân sự tỉnh (tương đương cấp Sư đoàn)
• Đảng bộ các đơn vị cơ sở trực thuộc các Cục, Sư đoàn (tương đương cấp Tiểu đoàn và Trung đoàn)
• Chi bộ các cơ quan đơn vị trực thuộc các đơn vị cơ sở (tương đương cấp Đại đội